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簡介

國家高速網路與計算中心為服務次世代定序(NGS)分析,於TAIWANIA主機上已安裝341 個NGS分析程式和相關資料庫。已安裝完畢之程式放置於下列軟體清單中之程式,歡迎使用。如有任何問題請聯絡我們,謝謝!

公告

new<重要通知>國家生醫數位資料與分析運算雲端服務平台計畫代號變更通知

因為核心設施計畫即將變更,服務上會有些異動,幾個重點提醒:

  • 109年7月31日起計畫代號會變更,更改為MST109178,屆時原派送工作有使用MST108173的部份,請都改為MST109178。
  • 7月30日結束前,已經執行的工作,系統會讓您繼續跑完,若尚未執行還在排隊的工作,需請使用者更改計畫代號後重新送出。
  • /Project/GP1免費空間僅有250TB,請珍惜使用,若您有大量計算空間的需求,歡迎申請GP1-4高速計算儲存空間服務。
  • 持續提供GP1-6及GP1-7軟體與資料庫服務,歡迎對IPA及CLCBio有使用需求的使用者來申請使用額度。

new <軟體服務 > Covid-19 分析相關軟體服務

因應抗疫需求,國網中心生醫計算服務已安裝下列軟體於台灣杉一號上面,敬請多加利用。

  • Metagenomics classification : Centrifuge、Kraken 2、MetaMaps
  • Multiple sequence alignment:MUSCLE、MAFFT、Kalign、Mumsa、T-coffee
  • Phylogenic tree construction:MEGA、IQ-TREE
  • Pipeline for the analysis of intra-host viral populations:V-pipe

  • 軟體詳細路徑請見軟體列表,如果有其他軟體需求也歡迎來電或來信洽詢。

    new <新增服務>新增超大記憶體主機

    新增兩台大記憶體主機分別有2TB以及4TB記憶體
    加上原有的6TB記憶體主機 共提供3台大記憶體主機供使用者使用

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    範例與測試


    <測試報告>已完成 Cufflinks在TAIWANIA上之測試報告。2015/11/23

    <測試報告>已完成 BLAST在TAIWANIA上之測試報告。2015/5/6

    <測試報告>已完成 Bowtie2在TAIWANIA上之測試報告。2015/1/19

    <測試報告>已完成 mirRDeep2(miRNA)在TAIWANIA上之壓力測試報告。2014/5/15

    <測試報告>新增 Allpaths-lg(De novo assembler)在Assembler上之測試報告。2014/02/10

    <測試報告>新增 Velvet(De novo assembler)在Assembler上之測試報告。2014/01/03

    <測試報告>新增 Velvet(De novo assembler)在HUMEM上之測試報告
    <測試報告>已完成 BWA(Alignment)在TAIWANIA上之壓力測試報告
    <範列>ERANGE之DEMO已完成,請前測試

    致謝

    當您的發表被接受,希望您能與國網中心分享喜悅與成就。請見文獻致謝範例

    軟體使用預約

    new我要預約使用IPA與CLCGenomicWB。我要預約

    使用量查詢

    new新增Taiwania使用量查詢,請利用您於iservice網站所使用的帳號(Email)以及Taiwania的帳號登入。我要查詢

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    alps usage
    新知資訊

    以單細胞RNA定序方式重建肺臟末稍上皮細胞的分化譜系

    2014年4月在Nature上有一篇由史丹佛大學醫學院發表一項研究結果,以單細胞RNA定序方式,重建肺臟末稍上皮細胞的分化譜系。在研究中使用單細胞RNA定序技術,從198個不同發育階段的小鼠肺泡表皮細胞中,比較不同階段RNA的表現量後,不只能確認已知的肺泡表皮細胞分化模型,也發現了新的細胞型態標誌。這個實驗完整地重建肺泡細胞分化模型。單細胞RNA定序也可以應用於其他發育中細胞或成熟的細胞,用來分辨不同細胞種類、決定細胞譜系、或者找出各個不同階段特有的調控因子。詳細內容請參閱Nature

     

     

     

    生物小組

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