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簡介


國家高速網路與計算中心為服務次世代定序(NGS)分析,於ALPS主機上已安裝120多個NGS分析程式和相關資料庫。已安裝完畢之程式放置於下列軟體清單中之程式,歡迎使用。如有任何問題請聯絡我們,謝謝!

公告

 

new在歐洲生物資訊研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)例行舉辦的Ensembl Workshop 將再度於2017年二月在台灣舉辦。本次共分三個部分,報名網址如下:

new國網中心已於6月15號推出新的Queue,以滿足生醫領域大記憶體之計算需求。目前計算節點已增加至64個,其中包含56個128 GB節點,7個256 GB節點一個512 GB節點

在Queue規劃方面,除既有的queue之外,另增128G-16、256G-32、512G-32三種Queue,每一種Queue僅支援16 ~ 32核心新增加的3個大記憶體的Queue只會將工作送至256 GB或512 GB節點中,將視其節點所能負擔的資源而定。

128G 和 128G-16之間的差別既有的128G Queue僅會送至56個128 GB記憶體節點中支援48核心,128G-16僅會送至7個256 GB節點中計算但僅被分配到16核心,兩邊的工作將獨立運作,不會相互交換。


使用者可視其機器負載量,自行選擇。本頁右欄可以檢視機器負載情況。57 ~ 63為256GB節點,64為512GB節點。
    
  近日適逢暑假與畢業季,是傳統的計算量旺季,
  請各位使用者提早將工作送出,避免影響工作進程。

new國網中心所執行之NRPB GP1 資源中心計畫,從103年11月開始,對科技部專題計畫主持人與執行者、學校教育單位、中央研究院、國家衛生研究院等研究機構、政府機構及產業界開放申請帳號付費使用計算設施。相關費率請參閱NRPB資源中心服務項目與收費網頁:http://nrpb.sinica.edu.tw/service/resource-center/charge/gp1

new<注意>國網中心將採取每日刪除過期檔案政策,請各位使用者注意並配合

各位ALPS的使用者大家好,為維護計算環境可用性,國網中心將採取每日刪除過期檔案政策,請各位使用者注意並配合。詳細說明請參閱以下五點:

1. 由於ALPS使用量愈來愈大,高速計算用暫存區 /work3處於經常性滿溢。我們將於五月一日開始每天進行/work3清理,凡在30天內,內容無更動之檔案或目錄,將會被刪除,請各位務必將重要的data儲存於科學數據儲存系統。如果沒有科學數據儲存系統帳號者,請與我們聯繫。

2. 刪除以個別檔案為單位,就算目錄為新的日期,裡面的過期檔案還是會被刪除。

3. 科學數據儲存系統的使用方法請見以下網頁中的說明,如果要長時間上傳者,可以使用丟job的方式,交由計算節點幫忙上傳。

4. 如果經常性的,計算需要之檔案,可以考慮放置於個人目錄之下,或者以人為方式,使用 touch 指令,更改特定檔案儲存日期,避免遭到系統刪除。但請注意,每執行一次只能延長保存30天,30天內必須針對特定檔案重新執touch指令。

5. 建議重要資料先上傳到科學數據儲存系統後,再載入高速計算設備處理。 一旦計算完成,再將計算結果傳回科學數據儲存系統保存。

以上公告,還望各位使用者配合。

範例與測試


new<測試報告>已完成 Cufflinks在ALPS上之測試報告。2015/11/23

<測試報告>已完成 BLAST在ALPS上之測試報告。2015/5/6

<測試報告>已完成 Bowtie2在ALPS上之測試報告。2015/1/19

<測試報告>已完成 mirRDeep2(miRNA)在ALPS上之壓力測試報告。2014/5/15

<測試報告>新增 Allpaths-lg(De novo assembler)在Assembler上之測試報告。2014/02/10

<測試報告>新增 Velvet(De novo assembler)在Assembler上之測試報告。2014/01/03

<測試報告>新增 Velvet(De novo assembler)在HUMEM上之測試報告
<測試報告>已完成 BWA(Alignment)在ALPS上之壓力測試報告
<範列>ERANGE之DEMO已完成,請前測試

致謝

當您的發表被接受,希望您能與國網中心分享喜悅與成就。請見文獻致謝範例

ALPS節點目前負載量
alps usage
新知資訊

 

以單細胞RNA定序方式重建肺臟末稍上皮細胞的分化譜系

2014年4月在Nature上有一篇由史丹佛大學醫學院發表一項研究結果,以單細胞RNA定序方式,重建肺臟末稍上皮細胞的分化譜系。在研究中使用單細胞RNA定序技術,從198個不同發育階段的小鼠肺泡表皮細胞中,比較不同階段RNA的表現量後,不只能確認已知的肺泡表皮細胞分化模型,也發現了新的細胞型態標誌。這個實驗完整地重建肺泡細胞分化模型。單細胞RNA定序也可以應用於其他發育中細胞或成熟的細胞,用來分辨不同細胞種類、決定細胞譜系、或者找出各個不同階段特有的調控因子。詳細內容請參閱Nature

 

 

 

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