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簡介

國家高速網路與計算中心為服務次世代定序(NGS)分析,於TAIWANIA主機上已安裝200 個NGS分析程式和相關資料庫。已安裝完畢之程式放置於下列軟體清單中之程式,歡迎使用。如有任何問題請聯絡我們,謝謝!

公告

new <新增服務>新增超大記憶體主機

新增兩台大記憶體主機分別有2TB以及4TB記憶體
加上原有的6TB記憶體主機 共提供3台大記憶體主機供使用者使用

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<重要通知>國網中心基因體與蛋白質分析平台服務計畫代號變更通知

因為核心設施計畫即將變更,服務上會有些異動,幾個重點提醒:

  • 7月31日起計畫代號會變更,更改為MST108173,屆時原派送工作有使用MST107119的部份,請都改為MST108173。
  • 7月30日結束前,已經執行的工作,系統會讓您繼續跑完,若尚未執行還在排隊的工作,需請使用者更改計畫代號後重新送出。
  • 7月31日起終止GPU計算節點服務。
  • 7月31日起/Project/GP1免費空間將由450TB下降至250TB,若您有大量計算空間的需求,歡迎申請GP1-5高速計算儲存空間服務。
  • 新增GP1-7及GP1-8軟體與資料庫服務,歡迎對IPA及CLCBio有使用需求的使用者來申請使用額度。
範例與測試


<測試報告>已完成 Cufflinks在TAIWANIA上之測試報告。2015/11/23

<測試報告>已完成 BLAST在TAIWANIA上之測試報告。2015/5/6

<測試報告>已完成 Bowtie2在TAIWANIA上之測試報告。2015/1/19

<測試報告>已完成 mirRDeep2(miRNA)在TAIWANIA上之壓力測試報告。2014/5/15

<測試報告>新增 Allpaths-lg(De novo assembler)在Assembler上之測試報告。2014/02/10

<測試報告>新增 Velvet(De novo assembler)在Assembler上之測試報告。2014/01/03

<測試報告>新增 Velvet(De novo assembler)在HUMEM上之測試報告
<測試報告>已完成 BWA(Alignment)在TAIWANIA上之壓力測試報告
<範列>ERANGE之DEMO已完成,請前測試

致謝

當您的發表被接受,希望您能與國網中心分享喜悅與成就。請見文獻致謝範例

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新知資訊

以單細胞RNA定序方式重建肺臟末稍上皮細胞的分化譜系

2014年4月在Nature上有一篇由史丹佛大學醫學院發表一項研究結果,以單細胞RNA定序方式,重建肺臟末稍上皮細胞的分化譜系。在研究中使用單細胞RNA定序技術,從198個不同發育階段的小鼠肺泡表皮細胞中,比較不同階段RNA的表現量後,不只能確認已知的肺泡表皮細胞分化模型,也發現了新的細胞型態標誌。這個實驗完整地重建肺泡細胞分化模型。單細胞RNA定序也可以應用於其他發育中細胞或成熟的細胞,用來分辨不同細胞種類、決定細胞譜系、或者找出各個不同階段特有的調控因子。詳細內容請參閱Nature

 

 

 

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