Galaxy 申請表 上下載資料 提問

 

以 BWA 執行定序資料比對人類基因體參考序列 (ALPS主機)

 

方法:

•參考序列檔案為Homo_sapiens.GRCh37.70.dna.toplevel.fa (30 GB),已置於 ALPS 主機上

•定序序列檔案:

-從科學數據儲存設備抓取此檔 1,000 次

-SRR006041.recal.fastq  (1.1 GB)

•ALPS 以 48G queue 處理 1,000 次並產生結果

•比對結果將傳回科學數據儲存設備

-將結果檔案回傳 1,000 次 (1.2 GB)

結果:

•消耗時間: 17 小時多10 分

 

結論:

1.經過重新設置的 Queue, 讓 ALPS 進行生物計算時運作更穩定可靠

2.預計單機下,需要 4 天的工作,ALPS在使用32個node僅花費 17 小時

3.通過壓力測試,證明國網中心有能力應付國內大型計劃之計算

 

 

 

nrpb

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