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Cufflinks 測試資料(ALPS1主機)

Cufflinks版本: 2.2.1

  • Cufflinks 使用RNA-Seq reads 去align及assemble出不同的transcripts版本,然後計算不同版本的transcripts在表現上的相對比例。
  • 另外有模組(cuffmerge,cuffquant,cuffdiff)可以比較多個sample的結果,用以找出表現及調控上有差異的基因。
  • 可多執行緒(mutithreading)

原始文獻:

    • Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi AM, Kwan G, van Baren MJ, Salzberg SL, Wold B, Pachter L.Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation 
      Nature Biotechnology doi:10.1038/nbt.1621 
    • Roberts A, Trapnell C, Donaghey J, Rinn JL, Pachter L.Improving RNA-Seq expression estimates by correcting for fragment bias 
      Genome Biology doi:10.1186/gb-2011-12-3-r22 
    • Roberts A, Pimentel H, Trapnell C, Pachter L.Identification of novel transcripts in annotated genomes using RNA-Seq 
      Bioinformatics doi:10.1093/bioinformatics/btr355
原始使用說明

 

測試結果:

  • Cufflinks
Organism Genome Size(bp) Input Data Size(Gbase) RAM Time CPU*HOUR
雙子葉植物 800M 3.3GB (bam file:2.4GB, contig fasta file:900MB) 3 GB 1hour 34 min 8.5

 

  • Cuffmerge
    (thread number=1)
Organism Genome Size(bp) Input Data Size RAM Time CPU*HOUR
雙子葉植物 800M 53MB( gtf files fo two samples) 223MB 4 min 0.067

 

  • Cuffquant
    (thread number=1)
Organism Genome Size(bp) Input Data Size RAM Time CPU*HOUR
雙子葉植物 800M 4.8GB( bam files of two samples) 1GB 39 min 0.65

 

  • Cuffdiff
    (thread number=1)
Organism Genome Size(bp) Input Data Size RAM Time CPU*HOUR
雙子葉植物 800M 64MB(abundances.cxb of two samples ) 1GB 79 min 1.316

 

 

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