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模擬miRDeep 在1000個人類 RNA定序資料中找出miRNA (ALPS主機)

 

 

 

 

 

 

方法:

同時送出1000個miRDeep工作,模擬在1000個人類RNA定序資料中找出可能的miRNA。

工作所需的資料已在ALPS主機上,檔案及其大小有:

  • GAL004_collapsed.fa: 31M
  • hairpin_no_space_UtoT_hsa.fa: 180K
  • mature_no_space_UtoT_hsa.fa: 97k
  • GAL004_collapsed_vs_genome.arf: 74M
  • hg38.fa: 3.1G

 

結果:


共費時 8 hour 44 min
平均每個工作費時4 hour 7.5min
每個工作產出 300M的資料

結論:

預計單機下,需要 5.5個月的工作,ALPS在使用8小時44分後即可做到。

 

 

 

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