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NCBI BLAST 測試資料

版本:

NCBI BLAST2.2.29+

測試方法及結果:

  • BLASTX

比較多節點分散式運算NCBI BLAST,以1,000筆blastx計算為範例,單機工作每一筆約需513.35秒,全部算為需要6天

在ALPS下54節點中,35分鐘可算完所有工作,平均每個工作僅需2.1秒,速度加快244倍

  • BLASTP

  • 比較多節點分散式運算NCBI BLAST,以1,000筆blastp計算為範例,單機工作每一筆約需368.4秒,全部算為需要4.3天

    在ALPS下54節點中,26分鐘可算完所有工作,平均每個工作僅需1.6秒,速度加快236倍

  • BLASTN

    比較多節點分散式運算NCBI BLAST,以1,000筆blastn計算為範例,單機工作每一筆約需675.5秒,全部算為需要8天

    在ALPS下54節點中,47分鐘可算完所有工作,平均每個工作僅需2.8秒,速度加快239.8倍

  • TBLASTN

  • 比較多節點分散式運算NCBI BLAST,以1,000筆tblastn計算為範例,單機工作每一筆約需116.5秒,全部算為需要12天

    在ALPS下54節點中,71分鐘可算完所有工作,平均每個工作僅需4.3秒,速度加快250倍

  • TBLASTX

  • 比較多節點分散式運算NCBI BLAST,以1,000筆tblastx計算為範例,單機工作每一筆約需2642.7秒,全部算為需要30.6天

    在ALPS下54節點中,178分鐘可算完所有工作,平均每個工作僅需10.7秒,速度加快247.7倍

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