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ERANGE 是一個用來作 RNA-seq and ChIP-seq 的軟體。它必須利用bowtie,eland或blat的mapping的結果,來分析RNA表現量不同的基因位置。

功能分析

 

  • 同時有 CHIP-Seq and RNA-Seq 分析的功能
  • 目前支援的mapper有bowtie,eland和blat。
  • 可分析在同一個genome中或多個genome之間的cis-regulatory element
  • 需要 Cistematic version 的 genomes
  • 需要使用UCSC 的genome序列和gene models

 

在 ALPS 上運行Erange

軟體位置

/pkg/biology/ERANGE/erange3.3/

如何送出job

1.先加入環境變數

export CISTEMATIC_ROOT=/pkg/biology/ERANGE

2. 建立一個script file 叫 erange.lsf,內容以CHIP-seq為例如下

#!/bin/sh
#BSUB -q 12cpu
#BSUB -n 12
#BSUB -o %J.erange.out
#BSUB -e %J.erange.err

python /pkg/biology/ERANGE/erange3.3/findall.py label ./SRR497664.mm9.rds SRR497664.mm9.regions.txt --control ./SRR497666.mm9.control.rds --listPeak --revbackground

  • 紅色為 主程式
  • label 為自訂工作名稱
  • 綠色為 input sample 之RDS檔(如何制作請參閱 這裡)
  • 藍色為 output file,erange會把找到的PEAK位置存到這個檔案
  • 紫色為 control 之 RDS檔 為非必要選項

Erange 會使用multithread,但是通常小於十個threads,因此以上範例使用12cpu。使用者可使用 /pkg/biology/ERANGE/erange3.3/weighMultireads.py 來預估會用多少thread再決定要使用多少CPU。

 

3. 建立送出工作所需的script file之後,使用 bsub 指令送出script file。 如果script file檔名為"erange.lsf", 送出工作的指令如下:

bsub < ernage.lsf

 

NGS1T 上運行Erange

ngs1t上軟體位置

/pkg/ERANGE/erange3.3/

如何執行

需先加入環境變數後再執行所要的指令:

export CISTEMATIC_ROOT=/pkg/ERANGE

 

 

參考資料

原始文獻

  • Mortazavi, A., Williams, B.A., Mccue, K., Schaeffer, L. & Wold, B. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. 5, 1-8 (2008).

原始使用說明:

 

生物小組

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