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軟體名稱 主要功能 功能分析 參考文獻
Quest ChIPseq
  • 可計算peaks 和 regions 的q-values, p-values 和FDR
  • 比較能夠handle 蛋白質大區域接觸所產生的寬peak。
  • 可產生UCSC browser track
  • 可過濾因為repeats 而產生的outlier regions
原始文獻 : Valouev, A. et al. Genome-wide analysis of transcription factor binding sites based on ChIP-Seq data. 5, 829-834 (2008). 原始使用說明
ERANGE[more] CHIP-seq
RNA-seq
RNA-SNP discovery
  • 同時有 CHIP-Seq and RNA-Seq 分析的功能
  • 目前支援的mapper有bowtie,eland和blat。
  • 可分析在同一個genome中或多個genome之間的cis-regulatory element
  • 需要 Cistematic version 的 genomes
  • 需要使用UCSC 的genome序列和gene models
原始文獻:
Mortazavi, A., Williams, B.A., Mccue, K., Schaeffer, L. & Wold, B. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq. 5, 1-8 (2008).
原始使用說明:

 

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