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軟體放置位置在/pkg/biology 下

  Software Version Installation date
1 ABYSS 1.2.7 2011年6月
2 ABYSS 1.3.3 2012年6月
3 ABYSS 1.3.5 2013年3月
4 ABYSS 1.3.6 2013年11月
5 ABYSS 1.5.2 2014年7月
6 ALLPATHS 2.0 2012年7月
7 ALLPATHS_LG 37656 2012年7月
8 ALLPATHS_LG 41377 2012年7月
9 ALLPATHS_LG 45489 2013年3月
10 ALLPATHS_LG 49856 2014年6月
11 AMOS 3.1.0 2012年8月
12 arp-warp 7.4_with_patch2 2014年12月
13 ATSAS 2.6.0-1 2014年12月
14 augustus 2.5.5 2014年11月
15 autodock 4.2.6 2014年12月
16 autodock vina_1_1_2_linux_x86 2014年12月
17 Bamutil 1.0.7 2013年4月
18 BEDTools 2.16.2 2012年3月
19 BEDTools 2.22.0 2014年12月
20 bedwig 4 2014年4月
21 BLAST 2.2.25+ 2011年1月
22 BLAST 2.2.9 2012年8月
23 BLAST 2.2.28+ 2013年9月
24 BLAST 2.2.29+ 2014年9月
25 BLAT 0.34 2012年10月
26 bnp 1.02 2014年7月
27 BOWTIE 0.12.8  2012年10月
28 BOWTIE 1.0.1 2014年4月
29 BOWTIE2 2.1.0 2013年3月
30 BWA 0.6.1 2011年12月
31 BWA 0.7.0 2013年3月
32 BWA 0.7.4 2013年5月
33 BWA 0.5.9 2013年8月
34 BWA 0.7.12 2015年1月
35 CASAVA 1.8.2 2013年4月
36 CCP4 6.4.0 2014年6月
37 CG_pipeline 0.3.2.1 2012年8月
38 chimera 1.10 2014年12月
39 chimera 1.9 2014年12月
40 chimera 1.10.1 2014年7月
41 Circos 0.66 2014年4月
42 CMTK 1.7.0 2014年4月
43 CMTK 3.1.0 2014年4月
44 Cn3D 4.1 2014年12月
45 cns_solve 1.3 2014年12月
46 CNV-seq 0.2-7 2011年5月
47 concoord 2.1.2 2014年11月
48 Contextual(perl) 2013年6月
49 Coot 0.74 2014年9月
50 COPEread 1.1.3 2014年6月
51 Corrector(SOAP) 1.0 2012年7月
52 Cufflinks 2.0.0 2012年5月
53 Cufflinks 1.2.1 2012年5月
54 Cufflinks 2.0.2 2013年3月
55 Cufflinks 2.1.1 2013年4月
56 Cufflinks 2.2.1  2014年10月
57 cutadapt 1.4.2 2014年6月
58 Cytoscape v3.2.1 2015年3月
59 Denovo2 2.0 2012年11月
60 detonate 1.8.1 2015年3月
61 DEXSeq(R package) 2013年11月
62 dock 6 2014年12月
63 docutils(python) 0.10 2013年6月
64 Edena 3DEV110920 2012年10月
65 EIGENSOFT 3.0 2013年4月
66 EMBOSS 6.4.0 2013年3月
67 ERANGE 3.3 2012年8月
68 exonerate 2.2.0 2014年11月
69 eXpress 1.3.1 2013年6月
70 ExtUtils(perl) 2013年6月
71 FAMHAP 19 2012年5月
72 FastQC v0.11.2 2014年9月
73 fastx_toolkit 0.0.13.2 2012年6月
74 FBAT 2.0.3 2013年5月
75 freebayes 0.8.1 2013年4月
76 Gambit 0.4.145 2013年4月
77 GAMESS May 1, 2013 R1,R2 2014年12月
78 Gapcloser(SOAP) 1.12 2012年7月
79 GapFiller 1.11 2013年6月
80 GapFiller v1-10_linux-x86_64 2015年7月
81 GATK 2.5-2 2012年12月
82 GemSim 1.6 2013年11月
83 Genemark_ES 2.3c_beta 2014年11月
84 Genemark_S 2.5p 2014年11月
85 Genometools 1.5.1 2013年6月
86 gfClient 2013年11月
87 gfServer 2013年11月
88 ggplot2(R) 0.9.3.1 2014年2月
89 Glimmer 3.02 2012年8月
90 gromacs 465 2014年12月
91 gromacs 467 2015年7月
92 GSNAP 20111209 2011年12月
93 GSNAP 20130509 2013年5月
94 Haploview 4.2 2011年12月
95 HMMER 3.0 2012年8月
96 HTSeq(python) 0.5.4p3 2013年6月
97 HTSeq(python) 0.6.1 2014年9月
98 IGV 2.3.8 2013年7月
99 iMosflm 7.11 2014年11月
100 IMPUTE2 2.2.2 2012年9月
101 infernal 1.1.1 2015年3月
102 InterProScan  4.8 2012年8月
103 isaac_aligner  01.14.08.28  2014年10月
104 isaac_variant_caller v1.0.6 2014年11月
105 isaac_variant_caller  1.0.6  2014年10月
106 jellyfish 1.1.10 2013年6月
107 Jinja2(python) 2.7 2013年6月
108 JR-Asssemlber 2013年11月
109 JSON(perl) 2013年6月
110 khmer 71bdd5dc81 2013年6月
111 lammps 27-May-14 2014年12月
112 lammps 10-Feb-15 2015年7月
113 lammps 15-May-15 2015年7月
114 LastZ 1.02.00 2014年7月
115 MACH 1.0.18 2012年11月
116 MAKER 2.31.7 2014年12月
117 MapSplice 2.1.5 2013年11月
118 MAQ 0.7.1 2012年7月
119 MAQview 0.2.5 2011年12月
120 MarkupSafe(python) 0.18 2013年6月
121 Mendel 11.0 2011年12月
122 Mendel 12.0 2012年9月
123 mercurial 1.8.4 2012年6月
124 Merlin 1.1.2 2012年6月
125 methpipe 3.3.1 2014年12月
126 mgltools 1.5.6 2014年12月
127 mgltools  1.5.6  2014年10月
128 mirDeep 2.0.0.5 2014年4月
129 mireap 0.2 2014年3月
130 miRExpress 2.1.3 2013年2月
131 miRExpress 2.1.4 2013年2月
132 modeller 9.14 2014年11月
133 molmol 2k2.0 2014年12月
134 Mosaik_Aligner 2.1.33 2012年7月
135 Mosaik_Aligner 1.1.0021 2012年10月
136 mothur 1.35.1 2015年6月
137 MUMmer 3.23 2012年7月
138 m-zdock linux_fftw3_parallel 2014年12月
139 m-zdock linux_fftw3_serial 2014年12月
140 NAMD 2.9 2014年12月
141 NAMD 2.10_Linux-x86_64-ibverbs-smp 2015年7月
142 NAMD 2.10_Linux-x86_64-multicore 2015年7月
143 Nemo5 r17881 2015年4月
144 Nemo5 intel15 2015年5月
145 Newbler 2.7 2012年7月
146 NextClip 0.8 2014年6月
147 NGS_QC_toolkit 2.3 2013年6月
148 nose(python) 1.3.0 2013年6月
149 numpy(python)update 1.8.1rc1 2014年3月
150 O v14.1 2014年9月
151 openmpi 1.8.1 2014年7月
152 OVITO  2.3.3  2014年10月
153 PDF::AP2I 2014年4月
154 perlbrew 0.71 2014年11月
155 PHASE 2.1.1 2012年5月
156 phast 1.3 2013年10月
157 phenix 1.8.2-1309   2013年8月
158 phenix 1.9-1692 2014年6月
159 phenix dev-1525 2014年9月
160 picard_tools 1.72 2012年7月
161 picard_tools 1.90 2013年4月
162 picard_tools 1.126 2014年12月
163 pindel 0.2.5b 2015年6月
164 PLATO 1.1 2012年9月
165 Plink 1.07 2012年4月
166 plumed 2.1.0 2014年11月
167 Polyphen 2.1.0 2011年12月
168 prank 130820 2013年11月
169 PRINseq 0.20.3 2013年6月
170 Pygments(python) 1.6 2013年6月
171 pymol 1.3 2014年12月
172 PyRosetta monolith.linux.release 2014年12月
173 PyRosetta monolith.linux.release 2015年7月
174 PyRosetta namespace.linux.release 2015年7月
175 python 3.3.3 2013年11月
176 python 2.7.6 2013年11月
177 QIIME 1.8.0  2014年10月
178 QIIME v1.9.0 2015年3月
179 QTDT 2.6.1 2013年5月
180 Quantum_ESPRESSO 5.1.1 2014年12月
181 Quast  2.3 2014年10月
182 QuEST 2.4 2011年12月
183 R 2.14.0 2011年12月
184 R 2.14.2 2012年4月
185 R 2.13.0 2013年5月
186 R 3.0.2 2014年2月
187 R 3.1.1 2014年9月
188 R 3.1.2 2015年2月
189 randfold 2 2014年4月
190 RDPTools 20150303 2015年3月
191 rdxplorer(python) v3.2 2013年12月
192 repeatmasker 4 2014年11月
193 RMBlast 2.2.28 2014年11月
194 RNAmmer 1.2 2012年8月
195 rna-star 2.3.0e 2013年5月
196 rosetta 3.5 2013年8月
197 rpy2(python) 2.3.8 2013年12月
198 RSEM 1.2.19 2015年2月
199 samtools 0.1.16 2011年12月
200 samtools 1.2 2015年2月
201 samtools  1.1 2014年10月
202 SIFT 4.0.5 2011年11月
203 signalp 4.0 2012年8月
204 skewer 0.1.114 2014年6月
205 slurm 14.11.1 2014年12月
206 SMRT 2.3.0.140936 2014年12月
207 SNAP 11292013 2014年11月
208 Snb 2.3 2014年7月
209 SNPlice 1.7.2.Linux-x86_64 2015年11月
210 SOAPaligner 2.21 2011年1月
211 SOAPdenovo 1.05 2012年7月
212 SOAPdenovo2 r240 2014年6月
213 SOAPsnp 1.02 2012年7月
214 SOAPsnp 1.01 2012年7月
215 solve 2.13 2014年12月
216 SOPRA v1.4.6 2015年7月
217 Sphinx(python) 1.2b1 2013年6月
218 SPREG 2.0 2011年12月
219 SRAtoolkit 2.1.10 2012年7月
220 SSAHA2 2.5.5 2012年8月
221 SSAHAsnp 2011年6月
222 SSAKE 3.8 2012年10月
223 SSPACE LongRead_v1-1 2015年7月
224 SSPACE STANDARD-3.0_linux-x86_64 2015年7月
225 statistics(perl) 2013年6月
226 SURFace 2014/11/28 2014年11月
227 Tandem_Repeats_Finder 404 2014年11月
228 Text(perl) 2013年6月
229 TMHMM 2.0c 2012年8月
230 TopHat 1.3.0 2011年6月
231 TopHat 2.0.4 2012年7月
232 TopHat 2.0.8 2013年3月
233 TopHat 2.0.14 2015年3月
234 TopHatFusion 0.1.0 (Beta) 2011年12月
235 TransDecoder 2.01 2015年5月
236 Trimmomatic 0.30 2013年5月
237 Trinity r2013-02-25 2012年4月
238 Trinity r2012-06-08 2012年6月
239 Trinity r2012-03-17 2013年3月
240 Trinity r20140413p1 2014年5月
241 Trinity r20140717 2014年9月
242 Trinity 2.0.6 2015年4月
243 tRNAscan-SE 1.3.1 2012年8月
244 usearch 5.2.236_i86linux32 2015年3月
245 usearch 8.0.1517_i86linux32 2015年3月
246 VeletOptimizer 2.2.5 2014年4月
247 Velvet 1.1.04 2011年6月
248 Velvet 1.2.06 2012年6月
249 Velvet 1.2.08 2013年3月
250 ViennaRNA 1.8.5 2014年3月
251 vmd 1.9.1 2014年12月
252 vmd vmd-1.9.2beta1 2014年12月
253 vmd 1.9.2 2015年7月
254 vmd 1.9.2-text 2015年7月
255 Wessim 1 2013年11月
256 xia2  0.3.6.3  2014年10月
257 zdock 2.3.2 2014年11月
258 zdock 3.0.2 2014年11月
259 zrank 2 2014年11月
260 zrank 3 2014年11月

 

 

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